Dalam sejarahnya, bangsa melayu-nusantara terbentuk dari asimilasi dan artikulasi keragaman. Manusia tempatan yang bercampur baur dengan para pendatang dari Utara (Hindia Belakang, China, dan Mongolia) di satu sisi, dan pendatang dari Amerika Latin dan Pasifik bagian Timur di sisi yang lainnya, telah melahirkan berbagai bahasa, tradisi, dan seni. Dari sini lah tradisi kemajemukan di ranah melayu-nusantara mulai terbentuk.
Dengan kesadaran kemajemukan inilah, Islam hadir dengan semangat universalitas, egaliter, dan toleransi. Sehingga, secara budaya dan antropologis telah memperkaya dan memperkuat kemajemukan dalam kesadaran orang melayu-nusantara. Pada saat yang sama, kehadiran Islam di tanah Nusantara, sebagaimana yang disebut oleh Thomas W. Arnold dalam The Preaching of Islam, penyebaran dan perkembangan sejarah Islam di Asia Tenggara berlangsung secara ramah dan damai. Wajar, jika kemudian Islam di Nusantara meluas dan menjadi penghuni mayoritas.
Namun demikian, kondisi damai di Nusantara yang sesungguhnya telah mempunyai sejarah yang panjang, sejak abad XII dan XIII Islam sampai di pesisir Malaka, Pasai, dan Aceh, sedang ”dikoyak” oleh sebagian muslim lain di negeri ini. Model-model radikalisme beragama, menyemarakkan nuansa beragama di Nusantara ini. Meskipun di pihak lain, masih ada juga sebagian masyarakat muslim di Philipina Selatan, dan Muangthai Selatan penuh dengan kisah – kisah tentang perjuangan mereka.
Beriring dengan pandangan di atas, dalam peta ”global” pemikiran Islam, posisi intelektual Muslim Indonesia masih jauh dari maenstreem utama dunia Islam. Sekalipun Islam telah tumbuh dan berkembang selama berabad-abad di bumi nusantara, kontribusi orisinal yang diberikannya kepada dunia secara keseluruhan; ataupun secara khusus kepada upaya-upaya untuk mengakrabkan Islam dengan berbagai situasi dan kondisi yang dihadapi kaum Muslimin dalam berbagai stase perkembangannya; masih terhitung langka. Oleh karena itu, diperlukan upaya untuk memikirkan dan merumuskan kembali suatu Islam yang memenuhi harapan kaum Muslimin Indonesia dewasa ini, sembari melakukan kontribusi kepada pergerakan utama pemikiran di dunia Islam.
Institut for Sotheast Asian Islamic Studies (ISAIS) UIN Suska Riau merupakan pusat lembaga kajian Islam Asia Tenggara yang bergerak dalam bidang kajian, penelitian, dan publikasi pemikiran, politik, social, dan sejarah Islam Asia Tenggara. Hingga saat ini, ISAIS merupakan satu-satunya lembaga di Indonesia yang mengelola Jurnal ilmiah yang memfokuskan pada kajian Islam Asia Tenggara, dengan nama Jurnal “Nusantara” dan saat ini sedang mengembangkan kajian Asia Pacific on Society and Religion dengan nama Jurnal APJRS (Asia Pasific Journal on Religion and Society).
