Dalam rangkah pencapaian visi dan misi ISAIS, maka dirumuskan program kerja sebagai implementasi dari tiga issue strategi di atas. Rumusan program kerja ini juga untuk menguji issue strategis serta kinerja, kapasitas serta sumber daya ISAIS. Dan pada setiap akhir tahun akan dilakukan proses refleksi terhadap issue strategis tersebut dengan melihat dinamika perubahan realitas sosial, budaya, ekonomi, politik serta agama di Riau yang kemudian dituangkan dalam proses pengembangan program dan kelembagaan. Adapun program kerja tersebut adalah :
- Penelitian (riset) dan kajian terhadap pelbagai persoalan sosial, budaya, pendidikan, ekonomi, lingkungan serta wacana keagamaan yang mengarah pada penguatan civil society.
- Publikasi melalui penerbitan Jurnal Nusantara dan Asia Pacific Journal on Religion and Society (APJRS).
- Kritik sejarah dan revitalisasi nilai-nilai budaya local
- Pendidikan dan latihan sebagai proses tranformasi dan dalam rangka pengembangan potensi, bakat dan kreativitas masyarakat menuju terbentuknya civil society
- Penguatan sumber daya manusia (Capacity Builiding)
- Pengorganisasian dan pendampingan pada masyarakat miskin perkotaan dan pedesaan.
- Kampanye dan sosialisasi serta deseminasi yang mengacu pada visi dan misi lembaga.
- Networking dan fundraising